A fost condamnat în 1959 la 8 ani de închisoare pentru activitatea sa anticomunistă, executând doar patru ani de detenție prin închisorile Jilava, Gherla și Aiud, respectiv prin lagărele Ostrov și Giurgeni. La Jilava ajunge coleg de celulă cu filosoful Constantin Noica, devenind foarte apropiați. Vasile Afilie nu a putut termina liceul la termen, tatăl său fiind de asemenea arestat de către autoritățile comuniste în 1952.L-am cunoscut prin intermediul altor bătrâni, foști deținuți politici: Gelu Gheorghiu (+), Vasile Iamandi și Ion Slăvoiu (+). Fie cu colinda, fie când ne găseam prin București, urcam mereu cu drag, de cele mai multe ori pe scări, până la etajul 9 în blocul de pe șoseaua Pantelimon unde locuia. În fiecare zi, chiar și la 90 de ani, ieșea la o alergare ușoară de cel puțin 10 ture în jurul Arenei Naționale. În detenție, a aprofundat rugăciunea și trăirea lăuntrică, adoptând o atitudine soldățească, cu o disciplină personală de fier, pe care a căutat să o transmită mai ales tinerilor. În bătrânelul scund și energic am găsit un suflet mai tânăr decât noi, cu o râvnă și credință de sfânt și cu darul vorbirii ca al unui bunic erou, întors din cruciadă, care își îmbărbătează întotdeauna nepoții. Vorbele lui erau ca un tunet, care rupea liniștea falsă din sufletul oricărui tânăr, oferind în schimb pacea cea adevărată prin cuvinte de zidire care fac din cei mai blânzi miei niște lei.
Dumnezeu să te odihnească și să te aibă în paza Sa, Nea’ Afilie!